Fougeré est située presque au centre de la Vendée, à égale distance de La Roche-sur-Yon, de Chantonnay et des Essarts (17 km environ), à moins de 50 km de la côte vendéenne et à une altitude moyenne de 96,34 m (au pied de l'église).
Le territoire municipal de Fougeré s’étend sur 2 723 hectares. Il est bordé au nord-est par la Vouraie. L’altitude moyenne de la commune est de 96 mètres, avec des niveaux fluctuant entre 53 et 110 mètres1,2.
La commune se situe en bordure de la forêt de la Chaize (au nom usurpé puisque la majorité de la forêt se trouve sur le territoire de Fougeré), d'une superficie d'environ 600 ha.